Mon chère Sakr,
En ce que tu dis, il y a du vrai et du faut.
Commençons par ce qui est juste. Qt est effectivement payant si on souhaite développé des applications payante (2500 $US je pense l'année). WxWidget quant à lui est totalement libre (licence LGPL oblige).
Par contre tu laisse entendre que WxWidget est indépendant du system. Et bien Qt l'est aussi !!! Le code source peut être compiler pour Windows comme pour Linux ou Mac.
Pour les différences, il y en a deux :

• La documentation est complète, facile, et très très très très bien structuré. (Contrairement à WxWidget qui est pas mal elle aussi mais un peu bordeleuse).
• La license d'utilisation un peu restreinte pour les logiciel non open-source.

Mais si tu veux mon avis, commence déjà par faire des applications open source, tu pourras faire du commercial plus tard. :)